病因分先天性和后天性。

　　1.先天性会厌先天性发育畸形，黏膜下形成小囊。出生后，随着发育，小囊也逐渐扩大。里面充满黏液，逐渐形成囊肿，即为先天性会厌囊肿。

　　2.后天性喉慢性炎症、机械刺激和创伤，引起会厌黏膜内的黏液腺出现腺管阻塞，腺体内分泌物堆积，而形成后天性会厌囊肿。常见的有潴留囊肿和表皮样囊肿。潴留囊肿多见于会厌舌面，表皮样囊肿多见于会厌谷中。