先天性阴茎扭转的发生可能是生殖结节在形成阴茎的过程中，两侧阴茎海绵体发育不平衡所致。绝大多数呈逆时针方向扭转，尿道口和阴茎系带常同时扭向一侧。按阴茎头偏离中线的角度阴茎扭转分为以下3类：

　　1.轻度扭转 阴茎头偏离中线角度小于60°，排尿正常，无明显畸形外观。

　　2.中度扭转 阴茎头偏离中线角度在60°～90°之间，阴茎外观及排尿功能异常。

　　3.重度扭转 阴茎头偏离中线角度大于90°，阴茎外观明显畸形，可发生排尿困难。多数阴茎体及尿道海绵体也出现扭转。