肠道病毒71型首先于1969～1970年在美国加州的二次中枢神经系统感染的暴发流行中分离出来，1970年以后向世界各地传播;1972年在澳大利亚引起以脑膜炎为主的流行;1973年在日本引起以手、足、口腔病和(或)无菌性脑膜炎为主的流行，在瑞典引起以无菌性脑膜炎为主的流行，伴有少数手、足、口腔病的流行;EV 71在1969年首次从加利福尼亚患有中枢神经系统疾病的婴儿粪便标本中分离出来，在1974年被鉴定命名。此后许多国家相继报道了EV71 的流行情况。中国大陆首次发现EV 71型感染是在1987年冬季，湖北省出现的一起手足口病，1995年武汉市病毒研究所从手足口病患者中分离出EV71，之后的多次爆发流行经检验均为EV 71感染所致。