甲状舌管囊肿与鳃裂囊肿皆为发育异常性囊肿，前者由胚胎甲状腺形成过程中的甲状舌管退化不全，遗留在深部组织内并产生分泌物积聚于组织内而成；后者系胚胎时期鳃裂的残余组织所形成。