预防复发的关键是防止感染的发生，应用广谱抗生素是必须的，术中除取组织，分泌物作培养外，在关腹之前必须大量反复冲洗，应用有活力的组织，如大网膜、椎前筋膜等覆盖于已修补好的肠道上及腹主动脉的残端(行解剖外旁路重新建立下肢循环的病例)，借以隔离肠道及血管。对于原发性AEF患者，若采取置换人工血管方法，则应用PTFE材料人工血管，该材料目前认为对抗感染力强度远胜于Dacron材料。术后可行CT或MRI检查，以期早期发现AEF的再发。