食管真菌的医源性感染在临床上并不罕见，广谱抗生素、H2受体拮抗药、质子泵抑制剂均可破坏人体正常菌群间的生物平衡，导致真菌的过度增生及上皮感染。皮质类固醇激素以及其他免疫抑制药可引起机体免疫功能低下，导致食管和内脏的真菌感染。此外，硬皮病、贲门失弛缓症、食管癌也可因食管淤滞导致真菌的移生和感染。因此正确使用抗生素等药物是预防真菌性食管炎最有效的方法。