自由生活阿米巴(free-living ameba)是指广泛地分布于自然环境，包括在泥土或水中细小的自由生活的阿米巴原虫，可侵入人体的中枢神经系统、眼部和皮肤，引起严重损害甚至死亡。其中3种自由生活阿米巴可引起人类致死性脑炎和脑膜炎。据Qvarnstrom等报告，截至2006年10月至少已有440例由这3种阿米巴引起的严重中枢神经系统感染的病例。该病发病率虽然并不高，但病死率却高达95%以上。自由生活阿米巴原虫感染以双鞭毛阿米巴科的耐格里属（Naegleria）和棘阿米巴属（Acanthamoeba）多见。