防治GVHD的发生重要的是在于预防，尽量减少GVHD的危险因素是最重要的措施。在移植后用环孢素A、甲氨蝶呤、皮质类固醇可使GVHD的发生率降低，也可对早期发生的GVHD和皮疹有一定的治疗作用。近几年来新的免疫抑制药如他克莫司(tacrolimus)正在试用。此外，对骨髓移植者用抗淋巴细胞血清或抗胸腺细胞球蛋白或血清，有一定的预防作用。对免疫缺陷或免疫抑制者输血及血制品时，要先将血液或血制品经过放射线照射后再应用。