避免接触嗜热放线菌是根本措施。反复发作农民肺的患者应转换职业，离开发病环境。如仅发病1～2次后未再发病，则可在采取一些预防措施后仍从事原来工作。预防工作包括：①向发病地区农民宣传本病的防治知识;②对草料、谷物等要充分干燥后，储存于有防潮设备、通风良好的地方;③机械化、自动化操作可减少吸入孢子的机会;④草料中喷洒1%～2%的丙酸可防止草料发霉，但价格昂贵，不宜再作饲料用;⑤正压气流防护头盔等，有条件者可试用;⑥有症状者及时就医。追踪观察，出现不可逆病变者调离工作，以防发生严重并发症。